Les ressources en eau souterraine du bassin constituent une part importante du patrimoine hydraulique du bassin du Sebou et représentent environ 20%environ du potentiel national.
Ces ressources en eau, évaluées à 800 Mm3 par an, sont contenues dans plusieurs nappes, dont les principales sont :
- Système aquifère du Saiss ;
- Complexe des nappes Maamora – Gharb ;
- Nappes des causses moyens Atlasiques ;
- Nappe de Bou Agba ;
- Nappe du couloir Fes- Taza ;
- Nappe du Moyen Atlas plissé ;
- Nappe de Taza.
Les ressources en eau souterraines du bassin de Sebou contribuent au développement économique et social du bassin, en assurant l’approvisionnement en eau potable et industrielle d’une grande partie des centres urbains et ruraux, et la satisfaction des besoins en eau des périmètres irrigués (petite et moyenne hydraulique).
Ces nappes productives sont vulnérables à la sécheresse, à la surexploitation et à la pollution. Bien gérées et protégées, elles représentent des atouts majeurs pour le développement socio-économique du bassin.