A l'intérieur de sa zone d'action, l'agence est chargée de :

 Effectuer les mesures et les investigations et de réaliser les études nécessaires à l'évaluation et au suivi de l'évolution de l'état des ressources en eau sur les plans quantitatif et qualitatif ainsi que celles relatives à la planification, la gestion et la préservation de l'eau et la prévention des effets des phénomènes climatiques extrêmes, notamment, les inondations et la sécheresse.

 Élaborer le plan directeur d'aménagement intégré des ressources en eau, les plans locaux de gestion des eaux et le plan de gestion de la pénurie d'eau en cas de sécheresse et de veiller à leur mise en oeuvre.

 Gérer d'une manière intégrée les ressources en eau et contrôler leur utilisation.

 Délivrer les autorisations et concessions d'utilisation du domaine public hydraulique, de tenir un registre spécial de ces autorisations et concessions et proposer à l'administration l'assiette et les tarifs des redevances d'utilisation de ce domaine.

 Gérer, protéger et préserver les biens du domaine public hydraulique et les milieux aquatiques et réaliser,dans la limite de ses moyens financiers, les travaux d'entretien et de maintenance des ouvrages publics hydrauliques mis à sa disposition.
 Fournir, selon des modalités fixées par voie réglementaire et dans la limite de ses capacités, toute contribution financière et toute assistance technique aux personnes publiques ou privées qui en feraient la demande pour la réalisation d'études et travaux nécessaires aux opérations entreprises conformément aux dispositions de la présente loi.

 Contribuer aux travaux de recherche et de développement des techniques de mobilisation, d'utilisation rationnelle et de protection des ressources en eau en partenariat avec les institutions scientifiques et les laboratoires spécialisés.

 Entreprendre, en partenariat avec l'administration, les établissements publics et les collectivités territoriales, la réalisation des actions nécessaires à la prévention et la protection contre les inondations.

 Donner son avis sur tout projet pouvant avoir un impact sur les ressources en eau et le domaine public hydraulique, y compris les contrats de concession et les cahiers des charges relatifs au dessalement des eaux de mer.