Les lacs naturels ont une importance stratégique en tant que ressources d’eau mais aussi en tant que milieux aquatiques remarquables liés aux aquifères et eaux superficielles. Il est nécessaire également de souligner leur fragilité et leur vulnérabilité à la pollution et aux pressions anthropiques.
Les lacs offrent par ailleurs des opportunités de développement socio-économique et environnemental qu’il importe de favoriser.
Un lac peut également être artificiel lorsqu’il est le résultat d'une intervention humaine sur l'environnement, le plus souvent du fait d'une construction comme un barrage.
Un autre terme est souvent utilisé, celui de la dayet ou daya. Il correspond souvent à un plan d’eau temporaire. Mais dans le Moyen Atlas, ce terme est fréquemment utilisé pour qualifier des lacs y compris les plus importants.
Les lacs naturels du bassin du Sebou sont d’une importance écologique majeure. Ces écosystèmes aquatiques se trouvent actuellement affectés par l’effet des sécheresses récurrentes et des actions anthropiques essentiellement liées à la surexploitation des nappes en relation avec ces lacs, sans oublier les effets de la pollution sur ces zones.
On dénombre une vingtaine de lacs permanents ou temporaires dans le bassin du Sebou. Le patrimoine naturel que représentent ces lacs est très diversifié.
Le lac Aoua est un lac des plus réputés du Maroc, situé à 15 kilomètres au nord d'Ifrane, à une altitude de 1460 m. Sa superficie maximale est de 1.35 km² et sa profondeur en hautes eaux est de 6 mètres à l'amont ; sa partie aval est généralement d'aspect marécageux. Son bassin versant est de 39 km².
Le lac est entouré par une prairie humide rase et des massifs forestiers de Chêne vert et de Cèdre. Une ceinture de peuplier et des saules entourent le lac sur ses bords immédiats. C'est l'un des rares zones humides montagneuses avec des habitats bien variés (eau peu profonde, prairie humide, marécage à émergents, vasières et forêt).
Le lac Ifrah est un lac permanent situé à 1610 m d’altitude, au nord du Moyen Atlas central, à une distance d'environ 17 km d'Ifrane. C'est l'un des plus grands lacs de la région, avec une superficie estimée à 250 ha qui connaît d'importantes fluctuations selon les années et les saisons. Situé au fond d'une cuvette karstique de forme ovale, sa profondeur maximale est de 8 m. Ce lac est essentiellement alimenté par la nappe phréatique, les eaux de ruissellement et la fonte des neiges ainsi que par les précipitations directes. Son bassin versant est étendu sur une superficie de 39.6 Km². Les apports en eau de surface sont assurés par deux oueds permanents et des ruissellements temporaires.
Ce lac est entouré par une prairie humide très rase, dépourvue de végétation émergente. Une couverture forestière de Chêne vert est proche des bords sud-est.
Le lac Iffer est un lac permanent situé à 1520 m d’altitude situé dans la Province d'Ifrane. De forme subcirculaire d’un diamètre de 300 m, le plan d’eau est de 6 m de profondeur. Il est le plus petit lac naturel du Moyen Atlas avec une étendue de 3.5 hectares. Il est d’origine karstique et occupe le fond d’un synclinal formé de dolomies liasiques. Son niveau est variable en fonction des saisons et de la pluviosité annuelle. Son bassin versant est de 3 km².
Ce lac occupe une profonde doline et se trouve ainsi à l'abri des vents et assez ombragé durant une bonne partie de la journée. La flore aquatique y est très dense près des bords. Autour du lac, la végétation est variée : les arbustes xérophytes entre 2500 et 1600 m d’altitude ; autour de 1500 m, des feuillus ou chênes verdâtres ; une forêt dense (matorral) entre 1200 m et 800 m. Certains replats au sud sont cultivés en céréales.
Le lac d'Afennourrir est un lac permanent situé à 1798 m d’altitude, dans la province d'Ifrane, (commune de Aïn Leuh). Il est eutrophe et peu profond, au milieu d'une vaste dépression à fond plat, couverte de basaltes et de dépôts fins. Son bassin versant est de 5 km².
Le lac est limité au nord par une digue pour rehausser le niveau d'eau. Les premières formations forestières se rencontrent à une distance d'un kilomètre du lac, formées essentiellement de Cèdre et de Chêne vert. La flore aquatique est abondante. Ce lac est considéré comme une réserve permanente de chasse et une réserve annuelle de pêche. C'est le seul site Ramsar à l'intérieur du pays, doté d'une importance internationale pour l'hivernage des oiseaux d'eau.
Le lac Afourgagh est un lac permanent situé à 1420 m d’altitude, à une distance d'environ 23 km à l’ENE d'Ifrane. Sa profondeur est de 9 m. Sa superficie est actuellement d’environ 10 ha. La zone humide est variable selon les années et les saisons. Elle est essentiellement alimentée par la fonte des neiges et les eaux de ruissellement. Son bassin versant est de 20.5 km².
Le lac est entouré par une prairie humide très rase et par des massifs de Chênes verts. La végétation émergente est dégradée, représentée par de petits îlots de Typhas et des Phragmites.
Le lac Aguelmame Sidi Ali est le plus grand lac naturel au Maroc. C’est un lac permanent situé à 2100 m d’altitude, dans la province de Khénifra, à 110 km au Sud de Fès. Sa superficie est de 1750 ha et sa profondeur est de 36 m. D'origine volcanique (Lac de barrage volcanique) et aussi karstique, ce lac fait partie d'un complexe de zones humides formé d'une part par le lac principal et par une large plaine humide (plaine de Ta'nzoult) sillonnée par des cours d'eau alimentés par des exsurgences et sources. Son bassin versant topographique est très réduit : 17 km², et il ne présente pas d'exutoire visible.
Trois essences principales forment la couverture forestière proche : Cèdre, Genévrier thurifère et Chêne vert. Du côté nord, les alentours du lac sont constitués par des affleurements basaltiques dénudés.
Le lac de Sidi Boughaba est situé dans la zone côtière atlantique à 13 km de Kénitra. Sa superficie est variable, selon les saisons, de 150 à 200 ha. Il s’étend entre 5.5 et 6 km, et sa largeur varie entre 100 et 350 m ; sa profondeur varie de 0.5 à 2.5 m. Le lac est alimenté essentiellement par l’eau provenant de la nappe phréatique, les eaux de pluie et les eaux de ruissellement.
La Merja Zerga est un site classé zone humide d’importance internationale par la convention de Ramsar. Elle abrite entre 45 et 55 % d'anatidés hivernant au Maroc. Le site est situé à 80 km au Nord de Kénitra et s’étend sur une superficie de 7000 ha. Sa lagune est alimentée par deux cours d'eau douce permanents : Oued Drader et le Canal de Nador. Elle est séparée de l'océan par un ancien système dunaire et communique avec l'Océan au niveau du centre dit Moulay Bousselham.
Elle est d’un grand intérêt ornithologique grâce à sa position géographique. La réserve a une superficie de 7 000 ha, dont 3 500 ha occupées par des vasières. La superficie de la lagune varie de 1 500 à 3 200 ha. Plus de 100 espèces d’oiseaux y ont été recensées, dont plusieurs espèces rares ou menacées, avec un nombre d’hivernants variant de 10 000 à 20 000 individus. C’est aussi une des aires les plus importantes du Maghreb pour l’hivernage de la sarcelle d’hiver et le Canard souchet. La chasse y est en principe interdite, mais la pêche est permise.
