Caractérisé par une forte densité de population, un nombre très important d’unités industrielles, et une croissance socio-économique significative, le bassin du Sebou est exposé à un ensemble de pollutions de sources domestique, industrielle ou agricole, qui risquent d’entraver le développement de plusieurs secteurs dans la région.

La pollution domestique

Les villes du bassin rejettent un volume annuel d’eau usée estimé à plus de 100 millions de m³, dont 86% sont déversés dans les cours d’eau. La charge totale de la pollution organique est estimée à 63647 T de DBO5 par an (soit 3 Millions d’équivalents habitants). Ces rejets représentent 25% du total national. Fès est la ville qui pose le plus de problèmes de pollution, ses rejets représentent 40% de l’impact total au niveau du bassin du Sebou.

La pollution industrielle

Pour la pollution industrielle, le bassin du Sebou est caractérisé par une activité dynamique et localisée principalement au niveau des centres urbains majeurs (Fès, Meknès et Kénitra). L’activité industrielle génère près de 20 millions d’équivalents-habitants de pollution organique.

Les principales branches industrielles polluantes sont : l'agro-alimentaire (huileries, sucreries, laiteries, conserveries, production de vin…), les papeteries, les tanneries, et la production d’alcool éthylique.

La majorité des secteurs présentent des émissions relativement constantes au cours de l’année, tandis que les rejets se concentrent principalement sur les mois de Décembre – Février, période de récolte des olives pour les huileries, Janvier – Juin pour le sucre de canne, et mai – Juillet pour les campagnes d’arrachage de la betterave à sucre.

La pollution agricole

L'utilisation croissante des engrais et des produits phytosanitaires a pour résultat la contamination des eaux souterraines par des produits agrochimiques.
Les charges polluantes sont constituées essentiellement des nitrates dépassant souvent le seuil de potabilité de l’eau. Ceci rend difficile l’usage de l’eau pour l’alimentation humaine et animale mais aussi pour l’irrigation de certaines cultures notamment les cultures maraîchères.
Les nappes d’eau souterraines risquent également d’être contaminées par les rejets avicoles particulièrement le fumier et les eaux de lavage chargées.
La consommation de pesticides au niveau du bassin est estimée à 2kg/an/ha soit plus de 70 T/an pour l’ensemble du bassin.

La pollution par les décharges

Les décharges sont également une source de pollution diffuse dont les flux sont difficilement estimables. Les lixiviats peuvent ponctuellement présenter une source de dégradation pour les eaux superficielles, surtout en période pluvieuse où les eaux ruisselant à travers les déchets, se chargent de polluants et peuvent ainsi contaminer les eaux superficielles. La charge polluante en DBO5 totale lessivée issus des déchets solides ménagers est estimée à 29 960 T/an (soit 1.5 équivalents habitants)
Le bassin du Sebou se caractérise par la multiplication des décharges non contrôlées. Ces décharges sont à l’origine de la contamination des eaux superficielles et souterraines par les lixiviats, la propagation des maladies et la dégradation du paysage. Elle nuit également de façon générale au développement économique du bassin, notamment dans les secteurs touristique et agricole.

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