Eau de surface
Les incidences négatives générées par les différentes sources de pollution sur les ressources en eau sont principalement la dégradation de la qualité des eaux de l’oued Sebou notamment en aval des rejets de Fès jusqu’à l’embouchure. En effet les stations de traitement d eau potable qui alimentent les centres de Kariat Ba Mohamed et M kansa à partir de l Oued Sebou sont souvent contraintes à arrêter leur activité, particulièrement pendant les périodes de forte pollution qui coïncident avec la saison oléicole. De même au niveau du barrage de garde, la mortalité de poissons est souvent constatée dans l oued Sebou.
La qualité des eaux est également dégradée au niveau de l’oued Rdom en aval de Meknès ainsi que l’oued Beht en aval de Sidi Slimane (Voir carte).
Pour améliorer la qualité de l oued Sebou, des lâchers d eau à partir des barrages Al Wahda, Idriss Ier et Allal El Fassi sont effectués. A titre d'exemple le volume d'eau lâché en 2003 était d'environ 22,5 Mm3.
Sur un total de 32 stations d’échantillonnage, près de la moitié présente une eau de mauvaise qualité.
Eau souterraine
Parmi les impacts négatifs des sources de pollution sur les eaux souterraines, on note une dégradation de la qualité des eaux par endroit au niveau des trois nappes Fès-Meknès, El Gharb et Maâmora en raison des teneurs en nitrates qui dépassent la valeur maximale admissible fixée à 50 mg/l, ce qui limite leur utilisation pour l’approvisionnement en eau potable.
Sur un total de 79 stations d’échantillonnage, environ 53% présente une qualité dégradée.